Kepulauan Komodo terkenal dengan komodo , kadal raksasa yang panjangnya bisa mencapai 3 meter (9,8 kaki). Meskipun pulau-pulau tetangga Komodo dan Rinca merupakan rumah bagi kadal ikonik ini, komodo pernah dianggap punah di Padar. Namun, pada tahun 2004, Badan Kelangsungan Hidup Komodo melaporkan penampakan sedikitnya 12 ekor, termasuk seekor tukik, yang menunjukkan kemungkinan kebangkitan kembali komodo di Padar

Topografi pulau ini kasar, dengan gunung berapi yang curam dan bukit-bukit yang dikelilingi oleh teluk-teluk yang dalam. Padar memiliki iklim yang kering, dan vegetasinya sebagian besar terdiri dari semak-semak dan padang rumput, sehingga menciptakan lanskap seperti sabana. Pulau ini memiliki empat teluk yang dalam dengan pantai-pantai dengan warna yang bervariasi; sebagian besar berpasir putih, sementara beberapa berpasir abu-abu dan merah muda.